Первые письменные упоминания о приселке Урюпин появляются после окончания Смуты и избрании на пристол М. Ф. Романова. Он принадлежал дьяку Богдану Кишкину. В 1621 году, после его смерти, Урюпино было пожаловано князю И. Н. Одоевскому.
В 1635 году поместье выкупил племянник Одоевского — Н. И. Одоевский, один из самых известных представителей династии. По прошествии времени владельцем имения стал его правнук, который после себя не оставил наследников, и Никольское — Урюпино перешло в казну. Впоследствии его выкупил С. Г. Долгоруков.
После его казни в 1739 году, имение конфисковали, но в 1748 году императрица Елизавета Петровна вернула его вдове князя. В 1774 году Н. А. Голицын покупает имение у вдовы С. Г. Голицына и перестраивает его. Для усадьбы начинается новая эпоха — дворцово- паркового ренессанса.
В 1812 году усадьба мало пострадала. После реформы 1861 года крестьяне оказались без земли и стали покидать село, однако Голицыным удавалось поддерживать блеск старой усадьбы вплоть до 1917 года. В 1918 году она была национализирована.
Летом 1919 года в Большом доме усадьбы был организован музей, экспозиция которого, пополненная экспонатами и документами из других имений, отражала обстановку и быт "дворянских гнезд". В 1929 году музей был закрыт, его материалы переданы в музей "Архангельское", а постройки усадьбы и вся ее территория перешли в ведение Военно-инженерной академии имени В.В. Куйбышева.
После, много раз разворачивались реставрационно — строительные работы различными подрядными организациями в имении, но всегда заканчивались безрезультатно.
В 1999 году известный в те годы депутат и бизнесмен Владимир Брынцалов заключил на поместье договор аренды на три года и взял на себя обязательство полностью восстановить его. В первый же год он обязался провести необходимые противоаварийные работы, а затем — полную реставрацию зданий и реконструкцию парка, а взамен требовал передать ему строения и участок в собственность. Однако право собственности на Николо-Урюпино Брынцалову так и не досталось, а реконструировать усадьбу без этого он не стал, и в 2001 году суд расторг с Брынцаловым арендный договор.
13 декабря 2004 года в Большом доме случился пожар. Здание вспыхнуло сразу со всех сторон. Дворец полыхал два дня. В результате пожара Большой дом, в котором все перекрытия были деревянными, полностью выгорел изнутри. Павильон "Белый домик" при пожаре не пострадал, но весь усадебный комплекс как единое целое прекратил свое существование. Время и природа берут свое, "дворянское гнездо постепенно разрушается"… Осенью 2005 года было объявлено о начале долгожданной реставрации. Лето 2020 года — никаких работ не ведется.