Когда-то земли эти назывались Курлыково, упоминания о них приходится на 1617 год. В 1676 году владельцем имения становится боярин Иван Борисович Репнин — именно он построил здесь усадьбу. Благодаря ему появился каменный храм Спаса Нерукотворного в 1684 году.
Первым Юсуповым, что приобрел село Спас-Котово у князей Репниных в начале 18-го века, стал князь Григорий Дмитриевич. Род князей Юсуповых был неразрывно связан с Долгопрудненскими землями в течение двух веков, создав в селе Котово прекрасную усадьбу с парком, а также возобновляя и достраивая приделы храма, ставшего усыпальницей нескольких поколений княжеской семьи.
При Николае Борисовиче Юсупове, одном из богатейших вельмож 18-19 веков, усадьба достигла своего расцвета. Изменения затронули и Спасскую церковь: там появилась родовая усыпальница Юсуповых.
Последним владельцем Спасское-Котово был князь Феликс Феликсович Юсупов. Во времена Советской власти, в 1934 году церковь была закрыта и позднее разграблена, а на месте усыпальницы Юсуповых появилась угольная котельная. Главный деревянный дом был утрачен еще в 1920-х годах. Помещения храма в разное время занимали: пуговичная и спичечная фабрики, мыловаренная мастерская, областная типография.
В 1991 году храм Спаса Нерукотворного в Котово возвращен верующим. В 2007 году облагорожен парк и возведен Амфитеатр и фонтан в парке. Сегодня это уютное место отдыха у Котовского залива.
На сегодняшний день храм и часть парка — это все, что осталось от огромной усадьбы Юсуповых.