Этот великолепной архитектуры храм располагается в Дьяково — бывшей деревне, которая вошла в состав Москвы в 1960 году. Сегодня эта территория расположена в южной части современного музея-заповедника Коломенское. Место уединенное и довольно интересное, в непосредственной близости от мистического "Голосова оврага".
Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи основан в 1529 году. Закладку фундамента существующего ученые относят к 1547 году.
Первый деревянный храм возведен на месте, где Великий князь Василий III узнал о зачатии сына — будущего царя Иоанна IV Грозного. Храм предназначался для Царя и царского двора. Позднее, уединенный храм стал одной из главных точек поиска знаменитой библиотеки Ивана Грозного.
На кладбище, расположенном при церкви размещены старинные белокаменные надгробий, которые были на нем как исторически, так и привезены из разных мест, как в музей.
За алтарем в 2014 году, был сооружен 3-х метровый деревянный крест "В память всех священнослужителей и мирян, погребенных на Дьяковском кладбище".
В период с 1924 по 1949 год храм был закрыт. С 1949 по 1957 года в храме вновь возобновили богослужения.
После, долгое время храм оставался заброшенным и постепенно разрушался из-за погодных условий и вандализма. Кладбище было закрыто в 1971 году. В 1979 году при подготовке к приему гостей Олимпиады кладбище, окружавшее храм, было вырыто и снесено,что привело к уничтожению многих надгробий 17-19-х веков.
Храм возвратили верующим только в 1992 году. Сегодня церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи является действующей. Во время реставрации 2009 года она была полностью восстановлена.